La evangelización del territorio que vino a constituir el Quindío, se realizó desde 1849 por sacerdotes itinerantes procedentes de Cartago y Pereira, enviados por el arzobispo de Popayán. El sacerdote Ismael Valencia Marín fue asignado a Salento en 1884 y desde allí impulsó los que fueron sus corregimientos: Filandia y Circasia.
El 19 de octubre de 1890 el presbítero Ismael Valencia asiste a la fundación del poblado de Montenegro. En 1894 es asignado a Calarcá y Armenia. La primera capilla de Montenegro la construyó y bendijo el presbítero Valencia precisamente en el año 1894. Más adelante como párroco de Calarcá atiende a Montenegro de 1909 a 1912. Después el presbítero Eleazar Loaiza
comienza otra capilla de mayores dimensiones, que dejó sin terminar.
En 1912 es nombrado como párroco de Montenegro el padre José Felipe López Montes oriundo de Aránzazu Caldas. Testigo del progreso de la población decide solicitar licencia para emprender la construcción de un verdadero templo que estuviese de acuerdo con las aspiraciones de los vecinos. El 7 de febrero de 1924 se celebró en dicho templo la primera misa pontifical
presidida por el ilustrísimo Tiberio de Jesús Salazar Herrera, por ese tiempo obispo de Manizales . Con motivo de dicha visita y mediante el Decreto 69 del 4 de julio de 1924 se crearon las parroquias de San José de Montenegro, Pijao, Córdoba. También la Inmaculada de Armenia y la de Nuestra Señora de las Mercedes en Circasia, que ya habían sido tituladas durante la evangelización del padre Ismael Valencia.
El 17 de diciembre de 1952 se crean las Diócesis de Pereira y Armenia y el primer Obispo fue Monseñor Jesús Martínez Vargas, oriundo de Santander. En aquel tiempo el párroco de Montenegro era el padre Rosendo Chica Marulanda oriundo de Salamina quien dirigió la parroquia durante 22 años de 1939 a 1961. En la década del 70 se produjo un incendio de la torre del templo y por ello tuvo que ser remodelado en su parte frontal y posterior. El cuerpo central del templo se conserva igual desde su construcción.
